Komisja Europejska zaleca Polsce usunięcie przeszkód utrudniających inwestycje w projekty kolejowe. Unijni urzędnicy zwracają uwagę, że rząd wpisał do ustawy o transporcie kolejowym ułatwienia procedur służących realizacji inwestycji w obszarze infrastruktury kolejowej i przyjął Krajowy Program Kolejowy do 2023 r. Jednakże zastosowane środki są niewystarczające, a ich przyjęcie i wdrożenie obarczone jest ryzykiem.
Jak wynika z dokumentu roboczego służb Komisji Europejskiej pt. „Sprawozdanie krajowe - Polska 2016”, mimo inwestycji współfinansowanych przez UE funkcjonowanie transportu kolejowego jest nadal niezadowalające ze względu na ograniczenia ruchu oraz zdegradowaną infrastrukturę.
KE podkreśla zbyt wolne tempo realizacji projektów. Zdaniem unijnych urzędników głównym powodem opóźnień są czynniki instytucjonalne. Do uciążliwych warunków regulacyjnych dokładają się niewystarczające zdolności administracyjne i organizacyjne PKP Polskich Linii Kolejowych. Rezultatem są znaczne braki w zakresie planowania i opracowywania przetargów, niska jakość dokumentacji przetargowej, udzielanie zamówień publicznych wyłącznie na podstawie kryterium ceny oraz niedociągnięcia w zakresie nadzoru i egzekwowania umów.
W konsekwencji średnia prędkość handlowa pociągów towarowych przemieszczających się po polskiej sieci kolejowej wynosi 27 km/h (dane z rok 2015) i jest znacznie mniejsza niż w krajach sąsiednich. Tym samym transport kolejowy nie jest w stanie skutecznie konkurować z transportem drogowym, którego infrastruktura w latach 2004–2015 znacznie poprawiła się zarówno jakościowo, jak i ilościowo.
Poza tym, wykorzystanie sieci kolejowej, obliczane za pomocą dzielenia ruchu pociągów (liczonego w tys. pociągokilometrów) przez łączną długość torów w danym roku, jest w Polsce znacznie niższe od średniej UE. W porównaniu do krajów sąsiadujących jest ono niemal dwukrotnie niższe niż w Czechach (dane za 2012 r.), ponad dwa razy niższe niż w Słowacji (2012 r.) i 4,6 razy niższe niż w Niemczech (2013 r.).
Komisja wytyka Polsce, że obecnie jedynie połowa z ok. 19 tys. km użytkowanych linii kolejowych jest w dobrym stanie technicznym, a znaczna część ludności nie ma dostępu do blisko zlokalizowanego i przystępnego cenowo publicznego transportu kolejowego. Dane KE wskazują, że 100 polskich miast liczących ponad 10 tysięcy mieszkańców nie ma połączenia kolejowego. Wspomniane czynniki, w połączeniu z wysokimi opłatami za dostęp do infrastruktury oraz znaczną poprawą infrastruktury drogowej, doprowadziły do dramatycznego spadku konkurencyjności kolei w stosunku do transportu drogowego. Poniższy wykres przedstawia udział transportu kolejowego w towarowym transporcie lądowym.
KE przypomina też, że niski poziom rozpowszechnienia transportu kolejowego powoduje wzrost negatywnych skutków dla środowiska w postaci emisji gazów cieplarnianych, zanieczyszczenia powietrza i hałasu.
Bruksela krytycznie wypowiada się również o krajowych programach transportowych, w których widać ciągły brak równowagi w zakresie rozwoju transportu kolejowego i drogowego. Wysokość środków przeznaczonych na obie gałęzie transportu nie pozostawia złudzeń. W przyjętym niedawno Programie Budowy Dróg Krajowych na lata 2014–2023 na budowę dróg przeznaczono ok. 40 mld euro, natomiast w Krajowym Programie Kolejowym na lata 2014–2023 na inwestycje kolejowe przeznaczono tylko 16 mld euro.
Komisja wskazuje ponadto, że odmienna konstrukcja prawna organów zarządzających kolejami i drogami przyczynia się do trudności sektora kolejowego w uzyskiwaniu państwowych gwarancji finansowych oraz elastyczności niezbędnej do finansowania projektów kolejowych, co również ma negatywny wpływ na równe traktowanie różnych środków transportu. Sytuacja ta dodatkowo zmniejsza konkurencyjność towarowego transportu kolejowego i spowalnia rozwój usług w zakresie pasażerskich przewozów kolejowych.
