Zapewnienie bezpieczeństwa podróżnym to jeden z priorytetów kolei. Nad ochroną pielgrzymów czuwa między innymi system monitoringu dostępny na dworcach, w pociągach oraz na liniach kolejowych. Obejmuje on aż 1200 kamer.
Nad bezpieczeństwem pielgrzymów wybierających kolej będą czuwać skoordynowane oddziały służb takich jak: Straż Ochrony Kolei, Straż Graniczna, Żandarmeria Wojskowa, Centrum Antyterrorystyczne Agencji Bezpieczeństwa Wewnętrznego, Policji oraz Służby Celnej. Patrole takie będzie można spotkać na dworcach, jak i w pociągach. W sumie będzie to ponad 3 tysiące funkcjonariuszy.
Osoby niepełnosprawne będą mogły liczyć na wsparcie w trakcie podróży ze strony pracowników Polskich Kolei Państwowych S.A. Na dworcach, gdzie ruch pasażerski w związku ze Światowymi Dniami Młodzieży będzie największy obecne będą także dodatkowe patrole służb medycznych gotowe nieść pomoc w razie wypadku.
