Niestabilność polityczna która w polityce międzynarodowej była mocno odczuwalna od 1938 roku, nie pozostawała bez echa w drogowych strukturach administracyjnych. Rozpoczęto zintensyfikowane przygotowania organizacyjne i materiałowe do wojny z Niemcami. W październiku 1938 r. Joachim von Ribbentrop skierował żądania w stosunku do Polski włączenia Wolnego Miasta Gdańska do III Rzeszy oraz budowy eksterytorialnej autostrady i linii kolejowej łączącej Prusy Wschodnie z Rzeszą. Zerwanie przez Hitlera paktu o nieagresji z Polską w kwietniu 1939 roku (zawarty 26 stycznia 1934 r.) oraz odrzucenie przez polski rząd niemieckich żądań, krytyka polityki appeasementu, sojusze i pakty międzynarodowe weryfikowały plany i potrzeby obronne.
Oparte zostały one min. w terenie na rzece Wiśle, która dzieliła strategicznie Polskę na dwie części i po zniszczeniu na niej mostów uniemożliwiało się wszelką komunikację. Istniało na tej rzece siedem stałych przepraw mostowych. Administracja drogowa otrzymała zadanie specjalne wiosną oraz latem 1939 roku Ministerstwo Komunikacji i Inspektorat Saperów wybudował nową 35 kilometrową drogę łączącą Toruń z Ciechocinkiem wzdłuż brzegów Wisły oraz postawił osiem mostów półstałych drewnianych w miejscowościach Modlin, Świdry Małe, Brzumin, Maciejowice, Solec Sandomierski, Baranów, Nowy Korczyn i Mogiła. Sześć z nich było dla ruchu dwukierunkowego a dwa dla jednostronnego. W Ministerstwie Komunikacji zadania te były podporządkowane osobiście Aleksandrowi Gajkowiczowi. Oprócz mostów były również przeprawy promowe. Pomimo zmilitaryzowania mostów, większość z nich nie wytrzymała naporu wojsk niemieckich, nalotów bombowych, a bez wsparcia sojuszniczego w osamotnionej walce część musiała zostać wysadzona przez polskich saperów. Strategiczne konstrukcje nadające się do naprawy były odbudowywane przez wojska niemieckie, niektóre konstrukcje stawiane od podstaw, również prowizoryczne mosty. W powojennym bilansie 66 procent stanu mostowego z 1939 roku uległa zniszczeniu w większości na głównych rzekach Polski.
Sytuacja wojenna 1939 roku nie spowodowała utraty państwowości przez Polskę. Działał rząd na emigracji, a w kraju istniały jego podziemne struktury, które za przywódców często miały osoby pamiętające czasy zaborów i trudy odzyskania niepodległości zaledwie dwie dekady wcześniej. Rząd generała Władysława Sikorskiego powierzył sprawy drogowe Aleksandrowi Gajkowiczowi. Podczas wojny budowa i utrzymanie dróg pozostawała w gestii okupanta. Do wykonywania zadań tego zakresu zatrudniano, również przymusowo przedwojenna kadrę drogową. Sprzyjało to drogowcom w konspiracji. Mieli możliwość opóźniać prace drogowe, dezorganizować budowy, próbować wpływać na politykę drogową okupanta.
Niemcy często ograniczali się do utrzymywania potrzebnych im szlaków, czasem zlecając opiekę nad nimi przedsiębiorcom niemieckim. Pozostałe drogi najczęściej były przeorane rowami przeciwczołgowymi, zwężane bunkrami obronnymi, a ruch odbywał się gruntowymi pasami przydrożnymi. Nieco inna sytuacja miała miejsce w miastach, gdzie życie pod okupacją toczyło się i potrzeby społeczne należało choćby minimalnie zaspokajać. W początkowym okresie wykonywano naprawy chodników, nawierzchni ulic, nasadzano kwiaty na skwerach.
Polacy czas wojny wykorzystali do planowania kolejnej odbudowy kraju, naprawy zniszczeń i rekonstrukcji polskiego drogownictwa. Zarówno tajne struktury w kraju jak i rząd na emigracji w Londynie przygotowywały projekty sieci autostrad, rozwiązania ustawowe, przepisy prawne, programy rozwoju. Pozwoliło to na płynne przejście z chwilą wyzwolenia Polski do realizacji odbudowy i akceptację ustaw, uchwał przez powojenny sejm.
