PKP Intercity spłaciły w lutym tego roku 250 mln zł zaległego zadłużenia wobec zarządcy infrastruktury, PKP Polskich Linii Kolejowych z lat 2009 i 2010.
12 kwietnia 2012 r. w „Pulsie Biznesu” ukazał się artykuł, który sugerował, że PKP Intercity ma problemy z płynnością finansową. Dziennikarze gazety powołując się na anonimowych kontrahentów przewoźnika napisali, że w branży kolejowej coraz częściej mówi się o płatniczych kłopotach spółki. Przewoźnik miał nie płacić na czas firmom szyjącym obicia na fotele oraz remontującym tabor.
Janusz Malinowski, prezes PKP Intercity twierdzi, że informacje o problemach finansowych spółki to plotki. - Obecnie osiągane przez nas wyniki finansowe kształtują się na podobnym poziomie, co w zeszłym roku. Zapewniam, że PKP Intercity płaci swoje zobowiązania na bieżąco. Ostatnie niezapłacone faktury pochodzą z kwietnia tego roku – mówi Malinowski.