Z powodu prac prowadzonych na przystanku Warszawa Toruńska, część kursów SKM nie zatrzymuje się tam. Pociągi te nie zatrzymują się również na przystanku Warszawa Praga.
Zmiana rozkładu spowodowana jest pracami przy odtworzeniu peronu na przystanku Warszawa Toruńska (koniec budowy trasy S8). Z powodu prac, do końca maja, na odcinku od przystanku Warszawa Praga do przystanku Warszawa Toruńska, jeden z torów został zamknięty.
Ruch pociągów w obu kierunkach odbywa się po jednym torze. Żeby jednak nie ograniczać liczby pociągów kursujących na linii S9, część z nich kursuje po torach towarowych. Pociągi jadące po torach towarowych nie mają możliwości zatrzymywania się na przystanku Warszawa Toruńska oraz na przystanku Warszawa Praga.
