Zgodnie z Uchwałą Sejmiku Województwa Mazowieckiego z 25 stycznia 2016 r. w sprawie likwidacji samorządowej instytucji kultury pn.: „Muzeum Kolejnictwa w Warszawie” od 20 lutego 2016 r. Muzeum znajduje się w stanie likwidacji.
Z kolei na podstawie Uchwały Nr 267/127/16 Zarządu Województwa Mazowieckiego z 19 lutego 2016 r. został powołany likwidator, który będzie kierował procesem likwidacji Muzeum. Proces likwidacji zostanie zakończony do 31 marca 2016 roku.
Cały majątek nieruchomy i ruchomy zlikwidowanej instytucji przechodzi z dniem 1 kwietnia 2016 r. na własność Województwa Mazowieckiego i docelowo przekazany zostanie nieodpłatnie, zgodnie z zapisami § 8 ust. 3 Warunkowej Umowy o utworzeniu i prowadzeniu samorządowej instytucji kultury pod nazwą „Stacja Muzeum” z 8 maja 2015 r. zawartej pomiędzy Województwem Mazowieckim a PKP SA na rzecz Stacji Muzeum.
Muzeum Kolejnictwa z siedzibą przy ul. Towarowej 3 będzie czynne do 20 marca.
