Mimo, że w ostatnim czasie wzrosła liczba przedsięwzięć zmierzających do zmodernizowania infrastruktury kolejowej, to według Najwyższej Izby Kontroli, ponad połowa skontrolowanych inwestycji prowadzonych przez PKP PLK ma opóźnienia.
Opóźnienia sięgają nawet 29 miesięcy w stosunku do pierwotnie ustalonych terminów. Brak dostatecznej liczby sprawnie prowadzonych inwestycji to główna przyczyna złego stanu infrastruktury kolejowej w Polsce. NIK podkreśla, że taka sytuacja jest wynikiem wieloletnich zaniedbań.
Unijne środki pomocowe, zwłaszcza w ramach Programu Operacyjnego Infrastruktura i Środowisko 2007-2013 (POIiŚ), dawały szansę na powstrzymanie degradacji infrastruktury kolejowej. Nie udało się jej jednak tej szansy do końca wykorzystać, głównie z powodu opóźnień. Najczęstsze przyczyny opóźnień to błędy w dokumentacji przedprojektowej, projektowej i powykonawczej, konieczność wykonywania robót dodatkowych, których nie przewidziano na etapie zlecania prac oraz niewłaściwa koordynacja prac przez komórki PLK.
Z kontroli NIK wynika, że problemy pojawiły się już na etapie przygotowania strategicznych dokumentów dotyczących budowy infrastruktury kolejowej. Rada Ministrów przyjęła Master Plan dla transportu kolejowego w Polsce do 2030 r. po roku od decyzji Komisji Europejskiej w sprawie POIiŚ, a dopiero po czterech latach Wieloletni program inwestycji kolejowych do roku 2013 z perspektywą do roku 2015 (WPIK).
Zgodnie z wieloletnim programem łączna kwota na inwestycje kolejowe ma wynieść 19,2 mld zł, w tym 13,7 mld zł w ramach POIiŚ i 1,5 mld zł z regionalnych programów operacyjnych. Zdaniem NIK zarządca infrastruktury kolejowej, czyli PKP Polskie Linie Kolejowe, nie jest jednak wystarczająco przygotowane organizacyjnie i kadrowo do terminowej realizacji inwestycji. PLK miały trudności z pozyskaniem środków w ramach POIiŚ. Trudności wynikały głównie z braku zabezpieczenia w odpowiednich kwotach i terminach wkładu krajowego (chodzi o pieniądze z budżetu państwa, Funduszu Kolejowego oraz środki własne PLK). Izba wskazuje w tym miejscu na niewystarczający nadzór właścicielski ministra właściwego do spraw transportu nad funkcjonowaniem PLK.
NIK podkreśla, że w przypadku braku pełnego zabezpieczenia wkładu krajowego istnieje ryzyko niezrealizowania projektów określonych w WPIK. W konsekwencji Polska może utracić część środków pomocowych UE, a rozpoczęte inwestycje będzie musiała dokończyć, finansując je z własnych pieniędzy.
Niezależnie od braku wystarczających środków na dofinansowanie inwestycji w ramach POIiŚ, PLK nie są dobrze przygotowane do sprawnego wykorzystywania funduszy unijnych. Po upływie połowy okresu realizacji WPIK nie podpisano umów o dofinansowanie 18 z 32 zaplanowanych zadań o łącznej wartości prawie 6 mld zł. Wynikało to z m.in. z dokonywanych zmian w projektach, nierzetelnego przygotowania dokumentów niezbędnych do uzyskania pozwoleń administracyjnych, czy też opóźnień w przeprowadzaniu przetargów. W rezultacie średni czas od złożenia dokumentów do podpisania umowy o dofinansowanie wynosił 383 dni. PLK nie miały też przygotowanych projektów zapasowych w razie wystąpienia trudności przy realizacji bieżących zadań.
