Budowa Rail Baltiki została skrytykowana przez prezesa Kolei Rosyjskich Władimira Jakunina. Stwierdził on, że połączenie kolejowe państw bałtyjskich ze stolicami Polski i Niemiec nie rozwiąże problemów transportowych regionu i nie spełni stawianych jej oczekiwań.
Prezes Władimir Jakunin stwierdził ponadto, że decyzja budowy Rail Baltiki była czysto polityczna. – Uważam, że oczekiwane korzyści z budowy Rail Baltiki zamiast rozwoju obszaru szerokotorowego (na którym obowiązuje szerokość toru 1520 mm. przyp. red.) są niejasne. Oczywiście zapewni bezpośrednie połączenie między stolicami tych wszystkich państw. Mogłoby to zostać osiągnięte także w inny sposób, np. stosując pociągi Talgo, które są przystosowane do jazdy po torach o różnych szerokościach – skomentował prezes RŻD.
Według Władimira Jakunina budowa tej linii będzie musiała uwzględnić dwie szerokości torów gdyż Estonia nie zamierza rezygnować z obowiązującego w tym państwie standardu 1520 mm. Natomiast utrzymywanie dwóch systemów z dwoma normami będzie zbyt kosztowne, gdyż będzie wymagało budowy dodatkowej infrastruktury w postaci stacji przeładunkowych.
Całkowita długość Rail Baltiki w Litwy to 335 km. Koszt jej budowy szacuje się na ok. 550 mln euro. Drugi odcinek, biegnący od Kowna do granicy z Polską ma kosztować ok. 250 mln euro.
Polska część Rail Baltiki prowadzi od Warszawy przez Białystok, Suwałki, Trakiszki do granicy z Litwą. W sumie to 341 km trasy kolejowej. Dalej przebiega przez Kowno, Rygę, aż do Tallina.
