Na linii PKM zainstalowany zostanie zamontowany system sterowania ruchem ERTMS, który odpowiada za automatyzację nadzoru nad prowadzeniem ruchu pociągów. Jest to unijny wymóg dla wszystkich nowo budowanych linii kolejowych.
Z uwagi na to, że w tym systemie sterowanie ruchem odbywa się poprzez stałą dwukierunkową wymianę informacji, komunikacja radiowa pomiędzy pociągiem a systemem sterowania ruchem kolejowym odbywać się będzie za pomocą systemu GSM-R.
Na linii PKM zbudowanych zostanie łącznie 6 wież do transmisji GSM-R. Cztery z nich będą miały wysokość 32,5 m, jedna 22,5 m (w okolicach bocznicy przy lotnisku). Najwyższa – 48 m – jest – stojąca już od kilku dni wieża w okolicach dawnego poligonu na Jasieniu.
Lokalizacja poszczególnych masztów oraz ich ilość i wysokość zostały wytypowane przez ekspertów w taki sposób, żeby zapewnić pełne pokrycie systemem GSM-R całej linii PKM. Jest to bardzo istotne, ponieważ ukształtowanie terenu w Gdańsku, a w szczególności liczne wzgórza i wąwozy nie pozostają bez wpływu na tego typu łączność. System GSM-R, jest systemem łączności kierunkowej. Oznacza to, że wiązka sygnału przekazywana jest kierunkowo pomiędzy masztami, a znajdujące się pomiędzy nimi przeszkody terenowe mogą doprowadzić do zakłóceń w przepływie sygnału.
Wybrane lokalizacje 6 masztów GSM-R na linii PKM są optymalne dla tego systemu łączności i umożliwiają zalogowanie pociągu do systemu zarządzania ruchem kolejowym przy maksymalnej dozwolonej prędkości na danym odcinku linii.