PKP S.A. przekazywała samorządom dworce kolejowe zgodnie z zasadami ustawy o restrukturyzacji PKP S.A. Według NIK zawarte transakcje miały uzasadnienie ekonomiczne dla obu stron. Jednak tylko część dworców została zagospodarowana przez samorządy zgodnie z ustawą. W niektórych samorządy zorganizowały punkty przesiadkowe dla komunikacji samochodowej połączone z punktami handlowymi. Wystąpiły jednak przypadki, w których dworce zostały wydzierżawione w całości lub po prostu sprzedane, co już nie było zgodne z prawem. Większość przejętych przez samorządy dworców zaczęła przynosić dochód.
NIK wykazała, że dobór dworców do przekazania samorządom przez kolej był ekonomicznie uzasadniony, poprzedzony analizami. PKP S.A. przekazywała dworce, w których przychody nie pokrywały kosztów ich utrzymania oraz wymagające w krótkim czasie znacznych nakładów na remont i modernizację. Transakcje dokonywane były na podstawie umów zawieranych w formie aktów notarialnych. PKP S.A. przekazywała JST prawo wieczystego użytkowania gruntów Skarbu Państwa oraz prawo własności budynków dworców i innych obiektów towarzyszących. W okresie objętym kontrolą w różnych formach kolej przekazała JST łącznie 200 dworców.
Ustawa o restrukturyzacji PKP S.A. nakłada na tę Spółkę obowiązek uzyskania zgody właściwego ministra na zbycie obiektu o wartości powyżej 50 tys. euro. W trzech przypadkach (z objętych w tym zakresie kontrolą 58 dworców) takie przekazanie przez PKP S.A dworców odbyło się z naruszeniem przepisów, bez zgody ministra. W dwóch przypadkach (gmina Czerwonak w Wielkopolsce) i w jednym przypadku (gminie Skoki w Wielkopolsce) mienie ujęte w jednej księdze wieczystej przekazano na podstawie odrębnych umów. W ocenie NIK miało to na celu obejście przepisów prawa w zakresie uzyskania zgody ministra na dokonanie takiej czynności prawnej.
W jednym przypadku (gmina Skoki w Wielkopolsce), wartość przekazanego mienia w zależności od kursu euro wynosiła: w dniu wyceny - 50.309,97 euro (średni kurs euro wg. NBP wynosił wówczas 4,194 zł.), w dniu podjęcia decyzji o zbyciu - 49.824,41 euro (kurs euro 4,2291 zł.), a w dniu zawarcia umowy przenoszącej własność - 50.406,16 euro (kurs euro 4,186 zł.). W tej sytuacji PKP S.A. również nie wystąpiła do ministra o zgodę na dokonanie czynności prawnej, przyjmując, że nie była ona wymagana, gdyż w dniu podejmowania decyzji przez PKP S.A. o zbyciu mienia kurs euro powodował, że jego wartość nie przekraczała równowartości 50.000 euro. NIK uważa, że taka sytuacja może sprzyjać naruszeniom prawa.
NIK zbadała też sposoby zagospodarowania dworców przez samorządy. W tym zakresie skontrolowano 13 JST, które przejęły w sumie 23 dworce kolejowe. Spośród tych obiektów: 7 dworców przeznaczono na cele ustawowe, tzn. z zachowaniem części dworca na cele służące pasażerom. Zachowano kasy biletowe, poczekalnie, toalety. W opinii kontrolerów wobec 10 dworców samorządy podjęły działania, które wskazują, że w najbliższym czasie zostaną one zagospodarowane zgodnie z zakładanym celem. Natomiast 6 dworców kolejowych, mimo upływu kilku lat od ich przejęcia, nie zostało zagospodarowanych zgodnie z warunkami określonymi w umowach, a dotychczasowe działania JST nie wskazują, aby ten cel w niedalekiej przyszłości miał być osiągnięty.
W jednym przypadku (gmina Kozielice, województwo zachodniopomorskie) stwierdzono, że dworzec kolejowy, mimo iż przekazano go gminie w trybie przepisu art. 39 ust. 3 ustawy restrukturyzacji PKP S.A., tj. na cele transportowe, został on sprzedany przez samorząd osobie fizycznej. Było to działaniem nieprawidłowym w świetle ww. przepisu. Z kolei w innym przypadku (gmina Barlinek, województwo zachodniopomorskie) budynek nieczynnego dworca władze gminy wydzierżawiły na czas nieoznaczony osobie fizycznej i powstał tam zakład wulkanizacyjny.
Najwyższa Izba Kontroli wskazuje na potrzebę zmiany przepisu nakazującego samorządom przejmującym dworce przeznaczanie ich w części na cele transportowe. W ocenie NIK, złagodzenie tego ograniczenia zwiększyłoby zainteresowanie JST wykorzystaniem zbędnego mienia PKP S.A. Zmiana przepisu umożliwiłaby swobodne zagospodarowanie przez samorządy tego mienia. Takie rozwiązanie nie wyklucza zabezpieczenia potrzeb spółek Grupy PKP, poprzez odpowiednie zapisy umów przenoszących prawa własności.
Zdaniem NIK maksymalna wartość przekazywanej nieruchomości, po przekroczeniu której, należy uzyskać zgodę powinna być podana w złotych a nie w euro np. zamiast 50 tys. euro można zapisać 200 tys. zł. Wtedy, mając na uwadze różnice kursowe można uniknąć różnic w wycenach w dniu ich dokonania, w dniu decyzji PKP S.A. o byciu i w dniu podpisania umowy z samorządem. Może wystąpić bowiem przypadek, że PKP S.A nie wystąpi do ministra o zgodę, a w dniu zbycia równowartość mienia przekroczy 50 tys. euro. W ocenie NIK brzmienie przepisu w obecnym kształcie zwiększa niepewność obrotu, a nawet może sprzyjać zamiarom obejścia obowiązku uzyskania zgody ministra.
