Z przygotowanej przez PKM wspólnie z wykonawcą szczegółowej analizy wszystkich napraw niezbędnych do wykonania przed wznowieniem ruchu kolejowego wynika, że pociągi SKM będą mogły wrócić na linię PKM już 4 września. Nadal będzie to jednak jeszcze tylko część pociągów i tylko do przystanku Gdańsk Brętowo. W miarę postępu prac naprawczych i oddawania do użytku kolejnych odcinków Pomorskiej Kolei Metropolitalnej, oferta przewozowa SKM na linii będzie systematycznie rozszerzana, aż wróci do poziomu sprzed lipcowej ulewy.
Po zidentyfikowaniu przez pracowników PKM i projektantów z Transprojektu Gdańskiego wszystkich szkód na linii PKM wyrządzonych przez gwałtowną ulewę z 14-15 lipca, dokumentacja w tej sprawie wraz z projektem naprawczym przekazana została do ubezpieczyciela. Czekając na jego akceptację, bez której nie mogą rozpocząć się właściwe prace naprawcze, inżynierowie z PKM i Budimeksu na podstawie tych samych dokumentów przygotowali kilka scenariuszy działań pod kątem możliwości wznawiania ruchu na trasie. Po gruntownej analizie wspólnie wypracowane zostało rozwiązanie gwarantujące możliwość przywrócenia ruchu nie tylko w możliwie szybkim okresie – czego oczekują mieszkańcy, ale przede wszystkim w sposób bezpieczny zarówno dla pasażerów pociągów, jak i ekip naprawczych.
Przypomnijmy, że z 688 miejsc do naprawy, 56 wymaga wykonania ich przed wznowieniem ruchu, pozostałe natomiast mogą być prowadzone pod ruchem, lecz z pewnymi ograniczeniami prędkości lub nawet czasowym zamykaniem pewnych odcinków trasy. I chociaż około 75 proc. wszystkich szkód ma charakter powierzchowny (spłynięcie warstwy ochronnej darniny i humusu z nasypów, bez uszkodzenia samej konstrukcji nasypu), to ze względu na dużą ilość szkód oraz ograniczoną możliwość dotarcia do niektórych lokalizacji, ich naprawa będzie czasochłonna. Dlatego PKM i Budimex zdecydowały o takiej organizacji prac naprawczych, aby możliwe było częściowe wznawianie ruchu na linii PKM w kilku etapach.
Ze względu na prowadzone wciąż przez PKP PLK naprawy linii 201 (Gdynia – Kościerzyna), która na odcinku gdyńskim również ucierpiała w wyniku lipcowej ulewy, na razie możliwe było wznowienie ruchu wyłącznie na regionalnym odcinku linii PKM. Dlatego już 19 lipca pociągi SKM wróciły na trasę Kartuzy – Gdańsk Port Lotniczy, skąd dalej pasażerowie mogą dojechać do Gdańska Wrzeszcza autobusową komunikacją zastępczą, której rozkład jazdy jest zsynchronizowany z pociągami lub komunikacją miejską, w której honorowane są bilety SKM.
W kolejnym etapie – od 4 września 2016 r., kiedy wchodzi w życie nowy, jesienny rozkład jazdy, planowane jest wydłużenie trasy pociągów z Kartuz aż do przystanku PKM Gdańsk Brętowo, gdzie pasażerowie będą mogli przesiąść się dalej np. na tramwaj do Gdańska Głównego. Przy czym – ze względu na wciąż prowadzone prace naprawcze – prawdopodobnie tylko do przystanku Gdańsk Kiełpinek pociągi poruszać się będą po obu torach, a od Kiełpinka do Brętowa tylko po jednym. Obecnie trwa analiza możliwości ruchowych tego rozwiązania, w wyniku której poznamy liczbę pociągów, które przy tak zorganizowanym ruchu będą mogły wrócić od września na linię PKM.