Pomorska Kolej Metropolitalna nie będzie funkcjonować w próżni. Zanim w 2015 roku pojadą pierwsze pociągi, gdański ZTM przeprogramuje cały system komunikacji miejskiej, aby sprostać większym potokom podróżnych.
Zarząd Transportu Miejskiego zakłada stworzenie komplementarnego układu opartego na węzłach integracyjnych, które funkcjonują już w Jasieniu, Porcie Lotniczym, Osowie czy Brętowie. Linie autobusowe będą dostosowane tak , aby dowoziły pasażerów do przystanków PKM. ZTM umożliwi też przesiadkę z tramwaju bezpośrednio do PKM w systemie "drzwi w drzwi". Węzeł integracyjny "Brętowo" będzie pierwszym, gdzie stanie się to możliwe.
W celu jak najlepszego zintegrowania obu systemów kolei i komunikacji miejskiej, ZTM przeprowadził wstępne analizy marketingowe, z których wynika, że kolejka dla niektórych dzielnic będzie oznaczać prawdziwą rewolucję. Takim miejscem jest np. Jasień, gdzie wkrótce mieszkać będzie ok. 30 tys. mieszkańców. Dla nich dojazd do centrum oznacza obecnie nawet 15-minutowe oczekiwanie w korku na Bulońskiej. Dzięki kolejce w 10 minut będą we Wrzeszczu.
Na integrację z kolejką przygotowuje się także gdańskie lotnisko. Władze portu zapewnią komfortowe dojście z przystanku do terminala, zaś PKM oprócz monitorów informujących o godzinach odjazdu komunikacji miejskiej na przystanku "Port Lotniczy", zamieści też wiadomości na temat odlotów.
Oprócz tego PKM zostanie skomunikowana z pociągami SKM na wspólnej stacji Gdańsk Wrzeszcz. Poza tym przy niemal każdym przystanku Kolei Metropolitalnej powstaną monitorowane parkingi dla samochodów i rowerów.
