Malbork pełnił w latach 1920-1939 rolę kolejowej stacji granicznej między Niemcami (Prusami Wschodnimi) a Wolnym Miastem Gdańskiem. Od XIX wieku jest ważnym węzłem komunikacyjnym.
Ziemie u ujścia Wisły na prawym brzegu Nogatu należały w XIII wieku do książąt gdańskich. Posiadali oni tam gród Zantyr, który w 1251 r. został odstąpiony Krzyżakom. W 1274 r. w okolicy zwanej Alyem, ok. 16 km na północny wschód od Zantyru, Krzyżacy rozpoczęli budowę obronnego zamku i obok niego osady. Dwa lata później osadzie nadano prawa miejskie, a miasto wraz z zamkiem nazwane zostało Marienburg.
W 1281 r. zburzono gród Zantyr, przenosząc jego mieszkańców i siedzibę komtura krzyżackiego do Marienburga. Od początku XIV wieku miał tu siedzibę wielki mistrz zakonu, wtedy też przystąpiono do rozbudowy zamku. Podczas wojny 13-letniej miasto i zamek zajęli Polacy. Po zakończeniu wojny postanowieniem traktatu toruńskiego 1466 r. Marienburg znalazł się w inkorporowanych do Polski Prusach Królewskich. Od XVI wieku w powszechne użycie weszła polska nazwa Malborg. Po pierwszym rozbiorze Polski Malbork przypadł Prusom.
XIX-wieczne zmiany
W XIX wieku zaszły poważne zmiany w sytuacji komunikacyjnej miasta. W latach 1819 -1825 wybudowano w Prusach szosę Berlin – Królewiec, która przebiegała przez Malbork. W połowie XIX wieku podjęto się budowy linii kolejowej. 19 października 1852 r. uruchomiono odcinek Malbork – Braniewo. Następnego roku przedłużono linię do Królewca, natomiast odcinek Malbork – Tczew otwarto po wybudowaniu mostów na Leniwce i Nogacie w 1857 r. Wówczas uzyskano połączenie kolejowe Berlina z Królewcem i dalej z Petersburgiem, a Malborka z Gdańskiem. W ciągu następnych kilkudziesięciu lat wybudowano trzy pozostałe linie mające połączenie z Malborkiem.
Połączenie z Kongresówką
W sierpniu 1876 r. otwarto linię Malbork – Prabuty – Susz – Iława. Stacja w Malborku stała się węzłem. Dwa miesiące później linię przedłużono do Montowa przez Zajączkowo Lubawskie. W następnym roku została ona doprowadzona do Działdowa oraz Iłowa i Mławy na granicy zaboru rosyjskiego – Kongresówki. Niemiecka kolej malborsko-mławska połączyła się tu z rosyjską Koleją Nadwiślańską, której linia biegła do Kowla w Rosji przez: Ciechanów, Nasielsk, Warszawę, Dęblin (wtedy Iwangród), Puławy, Nałęczów, Lublin, Chełm.
Wówczas w Malborku na wschód od zespołu dworcowego powstał dodatkowo dworzec kolei malborsko-mławskiej (rozebrany ok. 1900 r.). 15 sierpnia 1883 r. uruchomiono linię od Grudziądza do Malborka, otrzymując nią połączenie z Toruniem. 1 września 1893 r. oddano do użytku linię Malbork – Myślice – Małtydy, dzięki czemu uzyskano połączenie z Olsztynem.
Pozostał w Prusach
Węzeł malborski znacznie się powiększał. W pierwszym ćwierćwieczu XX wieku zakończono budowę na Żuławach sieci kolei wąskotorowych, także na trasach dojazdowych do Malborka (linie zlikwidowano do końca lat 80. XX wieku).
Kolej przyczyniła się do rozwoju miasta. Powstały w nim m.in.: wytwórnia farmaceutyczna, cukrownia, słodownia i inne mniejsze zakłady oraz pierwsza gazownia (1867 r.), nowa gazownia i wodociągi (1905 r.), a także kanalizacja (1906 r.). Wzrosła również liczba mieszkańców Malborka.
Po rozstrzygniętym plebiscycie powojennym w lipcu 1920 r. Malbork pozostał w Niemczech w Prusach Wschodnich przy granicy z Wolnym Miastem Gdańskiem, będącym w obrębie polskiej granicy celnej. Stacja więc w nim stała się stacją graniczną. Po drugiej stronie granicy za Nogatem na terenie Wolnego Miasta Gdańska był przystanek kolejowy Kałdowo.
W okresie międzywojennym (1920-1939) powstał w Malborku port i nowe zakłady przemysłowe (mleczarnia, tartak, fabryka wyrobów gumowych). Powiększył się także obszar miasta i wzrosła jeszcze bardziej liczba ludności. W 1939 r. Malbork liczył ponad 27 tys. mieszkańców.
Granica przestała istnieć
W styczniu 1945 r. Armia Radziecka zaczęła zbliżać się do Malborka. 25 stycznia wdarła się do miasta od północy, w pobliżu dworca kolejowego. Z powodu silnego oporu zmuszona została do wycofania się. Następnego dnia udało się zdobyć miasto, ale zamek dopiero w marcu.
W tym czasie zostały wysadzone przez Niemców mosty na Nogacie. Zajęto również Kałdowo (wcielone na początku wojny wraz z całym obszarem Wolnego Miasta Gdańska do Rzeszy).
Obie miejscowości przyłączono do Polski. Granica przestała istnieć.
W czasie działań wojennych Malbork uległ dużemu zniszczeniu. Jednak już w końcu marca zaczęli przybywać pierwsi osadnicy polscy. Najpierw zaczęto odbudowywać komunikację i urządzenia komunalne, potem zakłady przemysłowe i osiedla oraz obiekty użyteczności publicznej. W kwietniu władze polskie objęły kolej i przybyli tu pierwsi kolejarze polscy.
Przesiedleńcy z Wołynia
W maju 1945 r. został wznowiony ruch cywilny na linii Malbork – Prabuty – Iława oraz Malbork – Elbląg – Olsztyn, a następnie na innych liniach. Wojskowe pociągi radzieckie kursowały dużo wcześniej. 1
8 maja 1945 r. na dworzec PKP w Malborku przyjechał pierwszy transport powojennych osadników polskich, o czym świadczy wmurowana w maju 2010 r. tablica na budynku dworcowym. W większości byli to przesiedleńcy z Wołynia. Oficjalne przekazanie władzy przez wojska radzieckie administracji polskiej nastąpiło w Malborku 8 czerwca 1945 r., zaś już 18 lipca podjął swe prace malborski oddział drogowy PKP. 7 listopada nastąpiło otwarcie ruchu na nowym moście drogowym przez Nogat.
W okresie powojennym miasto zaczęło się rozwijać jako ważny węzeł komunikacyjny oraz ośrodek przemysłowy i usługowy dla okolicznych terenów rolniczych. Powstały dalsze zakłady przemysłowe: fabryka wentylatorów i wielka mleczarnia. Odbudowano śródmieście, zrekonstruowano Stare Miasto i zamek. W 1954 r. przyłączono do Malborka Kałdowo.
W neogotyckim stylu
Pierwsza stacja w Malborku powstała w 1852 r. W latach 1897-1901 zbudowano nowy dworzec w stylu neogotyckim, stojący do dziś. Obiekt zmodernizowano z zachowaniem stylu w latach 1906-1907.
Budynek wykonano z pełnej cegły, natomiast elewację z nietynkowanej licówki, zaś portal od strony placu z piaskowca. Wnętrza zostały częściowo otynkowane, a częściowo wyłożone boazerią. W blendach ścian w holu umieszczono herby okolicznych miast. Stropy są drewniane, w poczekalni rzeźbione.
Stacja ma cztery perony, w większości kryte, do których przechodzi się tunelem. Pozostałe budynki stacyjne to: lokomotywownia, wieża wodna i szalet.
Remont pod nadzorem
Na początku 2010 r. rozpoczął się remont dworca trwający prawie dwa lata. Ponieważ cały zespół dworcowy wpisany jest do rejestru zabytków, prace odbywały się pod nadzorem konserwatora. Odnowiono elewację oraz wnętrze głównego budynku, w którym usunięto powojenne malowidła z wyjątkiem herbu Polski. Zachowano natomiast elementy historyczne, np. ślady po kulach z II wojny światowej.
Zabiegom konserwatorskim poddano m.in. wystrój rzeźbiarski i malarski holu głównego. Zachowano i zakonserwowano stropy i boazerie w pomieszczeniach dawnych poczekalni i restauracji dworcowych. W jednym z tych pomieszczeń odkryto malowany strop z początku XX wieku. Częściowo zrekonstruowano malarski wystrój ścian w poczekalniach, odnowiono stare herby, polichromię, drewniane stropy i kolumny. Niezaprzeczalnym atutem przeprowadzonych prac jest znikoma przebudowa wnętrz i elewacji polegająca na zachowaniu autentycznego wyposażenia.
